در راستای تحقق اهداف برنامه سوم و چهارم توسعه، که مطابق با آنها شورای عالی بورس موظف به راه‌اندازی و گسترش بورس‌های کالایی در ایران شناخته شده بود، بورس فلزات در شهریور ۱۳۸۲ (نخستین بورس کالایی در ایران) و بورس کالای کشاورزی در شهریور ۱۳۸۳ آغاز به فعالیت کردند.
بر مبنای قانون بازار اوراق بهادار جمهوری اسلامی ایران (مصوب ۱ آذر ۱۳۸۴، مجلس شورای اسلامی) و با تصویب شورای عالی بورس، شرکت بورس کالای ایران در آذر ۱۳۸۵ با درهم آمیختن بورس فلزات و بورس کالای کشاورزی تشکیل شد و پس از پذیره‌نویسی و برگزاری مجمع عمومی، از مهر ۱۳۸۶ کار خود را زیر نظر سازمان بورس و اوراق بهادار آغاز کرد.
